Lembaga Pengelola Modal Usaha Kelautan dan Perikanan (LPMUKP) didirikan oleh Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP) untuk dapat meningkatkan akses permodalan masyarakat kelautan dan perikanan. LPMUKP dibentuk pada tanggal 20 September 2009 melalui Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor PER.20/MEN/2009. Pendirian LPMUKP ini dilakukan setelah dihentikannya Program Pemberdayaan Ekonomi Masyarakat Pesisir (PEMP) serta Program Dana Penguatan Modal Perikanan Budidaya (DPM-PB) pada tahun 2007. Hal ini juga menjawab tuntutan Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 2005 dimana seluruh program penguatan modal melalui program dana bergulir harus dilakukan dengan pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (BLU). Untuk mempersiapkan Satuan Kerja BLU tersebut, KKP kemudian membentuk LPMUKP.

Setelah dilakukan penilaian oleh Kementerian Keuangan pada bulan Oktober 2015, LPMUKP kemudian ditetapkan sebagai instansi pemerintah yang menerapkan pola pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum di lingkungan Kementerian Kelautan dan Perikanan pada akhir September 2016. Penetapan LPMUKP sebagai Satker BLU ini ditandai dengan lahirnya Keputusan Menteri Keuangan (KMK) Nomor 710/KMK.05/2016. Sejalan dengan hal tersebut, pada APBN 2017, LPMUKP mendapatkan alokasi investasi pemerintah dalam bentuk Dana Kelolaan BLU.

Menindaklanjuti penetapan LPMUKP sebagai instansi pemerintah yang menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum, Menteri Kelautan dan Perikanan menerbitkan pula Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor 3/PERMEN-KP/2017 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Pengelola Modal Usaha Kelautan dan Perikanan (OTK LPMUKP). Penetapan OTK LPMUKP ini dilaksanakan setelah mendapatkan pertimbangan dari Kementerian Pemberdayaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi. Sejalan dengan penetapan ini, LPMUKP mendapatkan penegasan dari tugas utamanya yaitu melakukan pengelolaan pinjaman atau pembiayaan dana bergulir yang berpendampingan bagi pelaku Usaha Mikro, Kecil dan Menengah Sektor Kelautan dan Perikanan (UMKM-KP).